Google  Scholar  Citations

Submitted preprint (not peer-reviewed)

  1. Zhao H, Hikida H, Okazaki Y, Ogata H. A 1.5 Mb continuous endogenous viral element region in the arbuscular mycorrhizal fungus Rhizophagus irregularis bioRxiv, https://doi.org/10.1101/2023.04.17.537115
  2. Hikida H, Okazaki Y, Zhang R, Nguyen TT, Ogata H. A rapid genome-wide analysis of isolated giant viruses only using MinION sequencing. bioRxiv, https://doi.org/10.1101/2023.03.14.532522
  3. Fujita H, Ushio M, Suzuki K, Abe SM, Yamamichi M, Okazaki Y, Canarini A, Hayashi I, Fukushima K, Fukuda S, Kiers T, Toju H. Metagenomic analysis of ecological niche overlap and community collapse in microbiome dynamics. bioRxiv, https://doi.org/10.1101/2023.01.17.524457

Peer-reviewed papers

  1. Okazaki Y, Nguyen TT, Nishihara A, Endo H, Ogata H, Nakano S, Tamaki H. (2023) A fast and easy method to co-extract DNA and RNA from an environmental microbial sample. Microbes and Environments, 38: 1, ME22102. https://doi.org/10.1264/jsme2.ME22102
  2. Fujita H, Ushio M, Suzuki K, Abe SM, Yamamichi M, Okazaki Y, Canarini A, Hayashi I, Fukushima K, Fukuda S, Kiers T, Toju H. (2023) Facilitative interaction networks in experimental microbial community dynamics. Frontiers in Microbiology, 14. https://doi.org/10.3389/fmicb.2023.1153952
  3. Tanabe Y, Yamaguchi H, Yoshida M, Kai A, Okazaki Y (2023) Characterization of a bloom-associated alphaproteobacterial lineage, ‘Candidatus Phycosocius’: Insights into freshwater algal-bacterial interactions. ISME Communications, 3: 20. https://doi.org/10.1038/s43705-023-00228-6
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  6. Okazaki Y, Fujinaga S, Salcher MM, Callieri C, Tanaka A, Kohzu A, Oyagi H, Tamaki H, Nakano S. (2021) Microdiversity and phylogeographic diversification of bacterioplankton in pelagic freshwater systems revealed through long-read amplicon sequencing. Microbiome, 9: 24. https://doi.org/10.1186/s40168-020-00974-y
  7. Yahara K, Suzuki M, Hirabayashi A, Suda W, Hattori M, Suzuki Y, Okazaki Y. (2021) Long-read metagenomics using PromethION uncovers oral bacteriophages and interaction with host bacteria. Nature Communications, 12: 27. https://doi.org/10.1038/s41467-020-20199-9
  8. Nakadai R, Okazaki Y, Matsuoka S. (2020) Describing macroecological patterns in microbes: Approaches for comparative analyses of operational taxonomic unit read number distribution with a case study of global oceanic bacteria. Environmental DNA, 2: 535-543 https://doi.org/10.1002/edn3.78
  9. Okazaki Y, Nishimura Y, Ogata H, Yoshida T, Nakano S. (2019) Genome-resolved viral and cellular metagenomes revealed potential key virus-host interactions in a deep freshwater lake. Environmental Microbiology, 21: 4740-4754. https://doi.org/10.1111/1462-2920.14816 [preprint]
  10. Mukherjee I, Hodoki Y, Okazaki Y, Fujinaga S, Ohbayashi K, Nakano S. (2019) Widespread dominance of kinetoplastids and unexpected presence of diplonemids in deep freshwater lakes. Frontiers in Microbiology, 10: 2375. https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.02375
  11. Hiraoka S, Okazaki Y, Anda M, Toyoda A, Nakano S, Iwasaki W. (2019) Metaepigenomic analysis reveals the unexplored diversity of DNA methylation in an environmental prokaryotic community. Nature Communications, 10: 159. https://doi.org/10.1038/s41467-018-08103-y
  12. Okazaki Y, Salcher MM, Callieri C, Nakano S. (2018) The broad habitat spectrum of the CL500-11 lineage (phylum Chloroflexi), a dominant bacterioplankton in oxygenated hypolimnia of deep freshwater lakes. Frontiers in Microbiology, 9: 2891. https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.02891
  13. Mehrshad M, Salcher MM, Okazaki Y, Nakano S, Šimek K, Andrei AS, Ghai R. (2018) Hidden in plain sight—highly abundant and diverse planktonic freshwater Chloroflexi. Microbiome 6: 176. https://doi.org/10.1186/s40168-018-0563-8
  14. Mochizuki A, Murata T, Hosoda K, Katano T, Tanaka Y, Mimura T, Mitamura O, Nakano S, Okazaki Y, Sugiyama Y, Satoh Y, Watanabe Y, Dulmaa A, Ayushsuren C, Ganchimeg D, Drucker VV, Fialkov VA, Sugiyama M. (2018) Distributions and geochemical behaviors of oxyanion-forming trace elements and uranium in the Hövsgöl–Baikal–Yenisei water system of Mongolia and Russia. Journal of Geochemical Exploration, 188: 123-136. https://doi.org/10.1016/j.gexplo.2018.01.009
  15. Okazaki Y, Fujinaga S, Tanaka A, Kohzu A, Oyagi H, Nakano S. (2017) Ubiquity and quantitative significance of bacterioplankton lineages inhabiting the oxygenated hypolimnion of deep freshwater lakes. The ISME Journal, 11: 2279-2229. https://dx.doi.org/10.1038/ismej.2017.89
  16. Okazaki Y, Nakano S. (2016) Vertical partitioning of freshwater bacterioplankton community in a deep mesotrophic lake with a fully oxygenated hypolimnion (Lake Biwa, Japan). Environmental Microbiology Reports, 8: 780-788. https://dx.doi.org/10.1111/1758-2229.12439
  17. Tanabe Y, Okazaki Y, Yoshida M, Matsuura H, Kai A, Shiratori T, Ishida K, Nakano S, Watanabe MM. (2015) A novel alphaproteobacterial ectosymbiont promotes the growth of the hydrocarbon-rich green alga Botryococcus braunii. Scientific Reports, 5: 10467. https://dx.doi.org/10.1038/srep10467
  18. Okazaki Y, Hodoki Y, Nakano S. (2013) Seasonal dominance of CL500-11 bacterioplankton (Phylum Chloroflexi) in the oxygenated hypolimnion of Lake Biwa, Japan. FEMS Microbiology Ecology, 83: 82-92. https://doi.org/10.1111/j.1574-6941.2012.01451.x

International conference (Only first-authored presentations are listed)

Oral presentation

  1. Okazaki Y, Nakano S, Toyoda A, Tamaki H. "Long-read-resolved, ecosystem-wide exploration of nucleotide and structural microdiversity of lake bacterioplankton genomes" International 18th International Symposium on Microbial Ecology (ISME18) (2022.8, Lausanne, Switzerland)
  2. Okazaki Y. "Ecogenomics of bacteria and viruses in the water column of Lake Biwa" 35th Congress of the International Society of Limnology (SIL2021) (2021.8, Online video talk)
  3. Okazaki Y, Nishimura Y, Ogata H, Yoshida T, Nakano S. "Metagenomic exploration of viral diversity and virus-host interactions in a deep freshwater lake" Symposium of Aquatic Microbial Ecology (SAME) 16 (2019.9, Potsdam, Germany).
  4. Okazaki Y, Fujinaga S, Tanaka A, Kohzu A, Oyagi H, Nakano S. "Ubiquitous bacterioplankton lineages inhabiting the oxygenated hypolimnion of freshwater lakes" 17th International Symposium on River and Lake Environment (2017.3, Kusatsu, Japan).

Poster presentation

  1. Okazaki Y, Nishimura Y, Ogata H, Yoshida T, Nakano S. "Comprehensive viromics uncovered the diverse viral community in a deep freshwater lake" 17th International Symposium on Microbial Ecology (2018.8, Leipzig, Germany).
  2. Okazaki Y, Nakano S. "Vertical stratification of the viral community in a deep freshwater lake" SAME-15: 15th Symposium on Aquatic Microbial Ecology (2017.9, Zagreb, Croatia).
  3. Okazaki Y, Fujinaga S, Tanaka A, Kohzu A, Oyagi H, Nakano S. "Unique bacterioplankton lineages ubiquitously inhabit oxygenated deep waters of freshwater lakes" 16th International Symposium on Microbial Ecology (2016.8, Montreal, Canada).
  4. Okazaki Y, Hodoki Y, Tanaka A and Nakano S. "Dominance of CL500-11 bacterioplankton (Phylum Chloroflexi) in oxygenated hypolimnion of freshwater lakes" Second EMBO Conference on Aquatic Microbial Ecology: SAME-14 (2015.8, Uppsala, Sweden).
  5. Okazaki Y and Nakano S. "Dominance of curve-shaped bacteria undetectable with conventional FISH probes in hypolimnion of Lake Biwa, Japan" The 12th Symposium on aquatic microbial ecology (2011.8, Rostock-Warnemunde, Germany).

Domestic conference / 国内学会 (Only first-authored presentations are listed)

口頭発表

  1. 岡崎友輔, 中野 伸一, 豊田 敦, 玉木 秀幸「“湖の微生物生態系”を対象としたゲノム・多型・遺伝子発現の網羅的比較解析」 日本微生物生態学会第35回大会, (2022.11, 札幌市)
  2. 岡崎友輔, 中野伸一 「湖沼深⽔層の細菌の⽣態学」 日本陸水学会第86回大会, 課題講演 (2022.9, オンライン開催)
  3. 岡崎友輔, 中野伸一, 豊田敦, 玉木秀幸 「ロングリード解析で拓くメタゲノムビニングの限界と環境細菌ゲノムの微小多様性」 微生物生態学会第34回大会 (2021.10, オンライン開催)
  4. 岡崎友輔, 藤永承平, 田中敦, 高津文人, 大八木英夫, 中野伸一 「湖内および湖間の細菌のゲノム多様性の解明」 日本陸水学会第85回大会 (2021.9, オンライン開催)
  5. 岡崎友輔, 藤永承平, 田中敦, 高津文人, 大八木英夫, 中野伸一 「大水深湖に生息する細菌の系統地理的パターンの解明」 日本陸水学会第84回大会 (2019.9, 金沢市) ★最優秀口頭発表賞
  6. 岡崎友輔「大水深淡水湖の深水層における微生物の多様性と機能」 日本地球化学会第66回年会（招待講演）(2019.9, 東京都文京区)
  7. 岡崎友輔, 西村陽介, 吉田天士, 緒方博之, 中野伸一 「メタゲノム解析による湖水中のファージの多様性と生態の解明」 日本微生物生態学会第33 回大会 シンポジウム (2019.9, 甲府市)
  8. 岡崎友輔「大水深淡水湖の有酸素深水層に生息する細菌の生態」 日本地球惑星科学連合2019年大会 (2019.5, 千葉市)
  9. Okazaki Y, Nishimura Y, Ogata H, Yoshida T, Nakano S. "Comprehensive viromics uncovered the diverse bacteriophage community in a deep freshwater lake (Lake Biwa)" Workshop on Environmental Viruses, Kyoto 2018. (2018.10, 京都市) ★最優秀講演賞
  10. 岡崎友輔 「メタゲノム解析で明らかにする湖の微生物生態系」　日本陸水学会第83回大会 課題講演 (2018.10, 岡山市)
  11. 岡崎友輔 「複数湖の比較環境ゲノム解析から紐解く微生物の生き様」　日本微生物生態学会第32回大会 シンポジウム（招待講演）(2018.7, 宜野湾市)
  12. 岡崎友輔, 程木義邦, 田中敦, 中野伸一 「好冷・好気・貧栄養性Chloroflexi門の優占 〜 大型湖の有酸素深水層をニッチとするユニークな細菌群集」　日本微生物生態学会第30回大会 (2015.10, 土浦市)
  13. 岡崎友輔，程木義邦，中野伸一 「琵琶湖深層で優占する Chloroflexi 門細菌の生態学的特性および単離手法の検討」 日本微生物資源学会第 22 回大会 (2015.9, 鳥取市) ★ベストプレゼンテーション賞
  14. 岡崎友輔, 中野伸一 「琵琶湖深水層におけるCL500-11クラスター(クロロフレクサス門)に属する細菌の優占」第27回日本微生物生態学会大会(2011.10, 京都市)
  15. 岡崎友輔, 中野伸一「琵琶湖深層水におけるクロロフレクサス門細菌の優占」日本陸水学会第76回大会　 (2011.9, 松江市)
  16. 岡崎友輔, 中野伸一「琵琶湖表層における生物生産が深水層の微生物ループに与える影響」日本陸水学会第75回大会　(2010.9 弘前市)

ポスター発表

  1. 岡崎友輔, 中野伸一「琵琶湖メタGVTプロジェクト」NGS現場の会 第五回研究会 (2017.5, 仙台市)
  2. 岡崎友輔, 藤永承平, 田中敦, 高津文人, 大八木英夫, 中野伸一「国内の大水深淡水湖に生息する細菌群集の網羅的分析」 日本微生物生態学会第31回大会 (2016.10, 横須賀市)
  3. Okazaki Y and Fujinaga S. "Encyclopedia of uncultured microbes – visualize ecological niche of uncultured clade using 16S rRNA gene sequence database" 生命医薬情報連合大会2015年大会 (2015.10, 宇治市)
  4. 岡崎友輔, 程木義邦, 田中敦, 中野伸一　「大型湖沼の有酸素深水層で優占する浮遊細菌 CL500-11の生態学的研究」 日本陸水学会第80回大会 (2015.9, 函館市) ★優秀ポスター賞
  5. 岡崎友輔, 中野伸一「琵琶湖表層における生物生産が深水層の細菌群集に与える影響」第26回日本微生物生態学会大会　(2010.11 つくば市)
  6. 岡崎友輔, 藤田健吾, 岡村嵩彦, 森裕美, 近藤竜二, 中野伸一 「水月湖の好気層から嫌気層に渡る繊毛虫の現存量と群集組成」　日本陸水学会第75回大会　(2010.9 弘前市)

Doctoral dissertation / 博士学位論文


Publications in Japanese / 和文発表・寄稿など

  1. 岡崎友輔「大水深淡水湖のユニークな微生物生態系」 海洋化学研究 月例卓話, 35 (1),39-42. [pdf]
  2. 岡崎友輔「湖沼の微生物生態系が教えてくれること」 日本微生物生態学会誌, 36 (2), 80-82. [pdf]
  3. 岡崎友輔「一杯の湖水に秘められた難題」 生物工学会誌 バイオミディア, 98, 619. [pdf]
  4. 岡崎友輔「ネオウイルス学に出会うまで」 ネオウイルス学ニュースレター No.6 [pdf]
  5. 岡崎友輔 「育志賞の受賞にあたって」 陸水学雑誌, 79, 127-129.

Other research presentations / その他の研究発表

  1. Okazaki Y. "From boat to bench: Elucidating the ecology and evolution of microbes using deep lakes as a model system" HKUST OCES Departmental Seminar (Invited) (2023.3, Hong Kong)
  2. Okazaki Y. "Tracking the microbial genomic diversification in freshwater lakes through high-resolution eco-genomics" Post-Koch Ecology International Symposium I – From sequences to cells (Invited) (2023.3, Online talk)
  3. 岡崎友輔 「環境中の無数の微生物ゲノムを丸ごとデジタル情報化する」 ふれデミックカフェ＠KRP Vol.31 (招待講演) (2023.3, 京都市)
  4. 岡崎友輔 「湖間比較で拓く高解像度な生態系多様性研究基盤」 令和4年度育志賞研究発表会 (2023.3, オンライン開催)
  5. Okazaki Y. "Long- and short-read-resolved microdiversity of lake bacterioplankton genomes" METAGENOMICS FORUM (2022.4, Online talk) [video]
  6. 岡崎友輔 「環境ゲノム解析で拓く微生物生態学の最前線」 京都大学理学研究科生物科学専攻ウェルカムレクチャー (2022.4,京都市)
  7. 岡崎友輔 「湖沼微生物生態系を網羅する環境ゲノム情報基盤の構築」 令和3年度育志賞研究発表会 (2022.3, オンライン開催)
  8. 岡崎友輔 「湖をフィールドとした微生物・ウイルス生態学」 ウイルス若手研究集会2021 (2021.12, オンライン開催)
  9. 岡崎友輔 「ロングリードメタゲノム解析で拓く環境微生物の多様性」 大隅基礎科学創成財団 微生物コンソーシアム (招待講演) (2021.10, オンライン開催)
  10. 岡崎友輔 「大水深淡水湖のユニークな微生物生態系」京都化学者クラブ 第374 回例会 (招待講演) (2021.8, 京都市)
  11. Okazaki Y "Microdiversity of freshwater bacterioplankton: Is everything everywhere? " Symposium of Ecological Society of Japan, Kanto Branch (2021.7, Online talk)
  12. 岡崎友輔 「ロングリードアンプリコンシーケンスで紐解く湖沼細菌の系統内多様性」2021 PacBio Japan Virtual User Group Meeting (招待講演) (2021.5, オンライン開催)
  13. Okazaki Y "Microbial ecology in deep freshwater lakes" Bioinformatics Seminar Series (2020.7, Online talk at Kyoto University)
  14. 岡崎友輔 「環境ゲノム解析で解き明かす野生の細菌の多様性」生物多様性解析に関するセミナー (2020.2, 神戸市)
  15. 岡崎友輔 「細菌における湖ごとの Microdiversity の解明」 北大低温研シンポジウム 環境微生物学における革新的手法および生態系保全における活用法 (2019.11 札幌市)
  16. Okazaki Y. "Viral and bacterial metagenomes revealed potential key virus-host interactions in a deep freshwater lake" Mini-Workshop on Virome and Bioinformatics (2019.10, 東京都新宿区)
  17. 岡崎友輔, 西村陽介, 吉田天士, 緒方博之, 中野伸一 「メタゲノム解析による湖水中のファージの多様性と生態の解明」 新学術領域「ネオウィルス学」領域班会議 (2019.6, 淡路市)
  18. 岡崎友輔 「メタゲノム解析による湖の細菌・ウイルスの生態学」 第56回 藻類・プロティストフォーラム (2019.5,つくば市)
  19. 岡崎友輔 「メタゲノム解析で照らし出す琵琶湖の細菌・ウイルスの生態系」 第2回 感染症診断と治療におけるゲノム解析 (2019.3, 伊勢原市)
  20. 岡崎友輔 「環境ゲノム解析でひも解く湖の微生物の世界―その面白さと可能性」 進化生態こまば教室 (2018.12, 東京都目黒区)
  21. 岡崎友輔 "Ecology of bacterioplankton in deep freshwater lakes" 2018年度 環境微生物系合同発表会 (2018.11 つくば市)
  22. 岡崎友輔 「メタゲノムで明らかにする琵琶湖のウイルス多様性」 北大低温研シンポジウム 水環境の保全と再生に向けた環境微生物学・水環境学の最前線 (2018.11 札幌市)
  23. 岡崎友輔 「湖の微生物生態学 ― その面白さと可能性」 日本陸水学会第83回大会 若手の会 (2018.10, 岡山市)
  24. 岡崎友輔 「大水深淡水湖に生息する独特の細菌群集の研究」 北大低温研シンポジウム 環境微生物学最前線2017 (2018.2, 札幌市)
  25. 岡崎友輔 「大水深淡水湖の微生物生態学」　NGSワークショップ2017　「NGSデータの多彩な活用」 (2017.11, 大津市)
  26. 岡崎友輔 「大水深淡水湖の深水層に生きる微生物の生態学」 北大低温研シンポジウム 環境微生物学最前線(2) (2017.2, 札幌市)
  27. 岡崎友輔 「淡水湖の深水層に共通して生息する細菌の系統地理」 生物群横断系統地理ワークショップ (2016.10, 京都市)
  28. 岡崎友輔, 藤永承平, 田中敦, 高津文人, 大八木英夫, 中野伸一 「淡水湖の有酸素深水層に生息する細菌の生態学」 水圏微生物研究フォーラム2016 (2016.8, 柏市)
  29. 岡崎友輔 「琵琶湖深層の『微生物ダークマター』の研究」 京都大学理学研究科生物科学専攻ウェルカムレクチャー (2016.4,京都市)
  30. 岡崎友輔 「湖沼の有酸素深水層に注目した微生物群集の研究」 第5回JAMBIO フォーラム (2016.2, 東京都文京区)